Una colección de pinturas modernistas de principios del siglo XX, obra del reconocido artista quiteño Víctor Mideros es otro de los tesoros imprescindibles del museo.
Estos, junto a obras de Luis Ruiz, relatan la vida y el misticismo de Mariana de Jesús, de quien se cuenta ocurrió el prodigio de la azucena, en lugar hoy conocido como Patio de los Naranjos.